Para compartir los avances de sus investigaciones relacionadas con la dinámica molecular, esto es, con el estudio por computadora del movimiento de átomos de proteínas, las académicas Nina Pastor, Lillian Chong y Laura Domínguez tomaron parte en el Simposio Dinámica Molecular, organizado por la Facultad de Química.
En este encuentro, realizado el 16 de octubre en el Auditorio del Conjunto E de la FQ, asistieron estudiantes de licenciatura y posgrado interesados en el área de simulación molecular, proceso que inicia con la configuración estructural de una proteína.
Posteriormente, se resuelven las ecuaciones de movimiento para cada átomo y se analiza la posible evolución del sistema con el tiempo; con ello se logra observar cómo funcionan algunas proteínas, si se pliegan o se asocian, dijo en entrevista Laura Domínguez, organizadora del Simposio y profesora del Departamento de Fisicoquímica de la Facultad.
Conferencias
Para hablar de su trabajo sobre una parte de proteína de adenovirus, un virus oncolítico, es decir, que disuelve tumores, del cual, sin embargo, aún no se conoce cómo hace esta función, la académica de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM), Nina Pastor, dictó la primera conferencia de este encuentro: Playing with ropes: the effect of phosphorylation on residual structure of IDPs.
La investigación realizada por casi dos años por Nina Pastor en colaboración con Ramón González (también profesor de la UAEM), arrojó que dependiendo de la fosforilación (la colocación de un grupo fosfato) de la proteína E1B55KDa, ésta puede estar en el núcleo, en el citoplasma, o bien, ayudarle al virus a hacer más copias de sí mismo o a hacer más proteínas de éste: “Está pendiente saber por qué, a nivel molecular, es importante que esté fosforilada o no”, indicó la académica. Estos estudios, además de ayudar a entender cómo funciona un virus, sirven para interpretar resultados de laboratorio.
Por su parte, Lillian Chong, del Departamento de Química de la Universidad de Pittsburgh, impartió la conferencia The “Art of Possibility”: Weighted Ensembles of Trajectories, en la que habló de la metodología Weighted Ensemble approaches for sampling rare events, empleada por esta investigadora para acelerar el muestreo e incitar a que un sistema cambie de conformación rápidamente, con el fin de observar con mayor rapidez eventos extraños que en una dinámica molecular común sucederían en un tiempo prolongado.
Asimismo, la académica de la FQ, Laura Domínguez, ofreció la conferencia The game of pH in the structural ensemble of proteins, en donde comentó que ha utilizado diversas metodologías para muestrear el estado de protonación (adición o sustracción de un protón a un átomo, molécula o ion) de diferentes aminoácidos y así observar cómo se activa la enzima que genera los péptidos beta amiloides, responsables de la enfermedad de Alzheimer.
La universitaria señaló que junto con su equipo de trabajo encontraron que la proteína gamma-secretasa, relacionada también con dicho padecimiento, necesita estar en un estado de protonación determinado para estar activa, es decir, uno de los aminoácidos catalíticos tiene que estar protonado y el otro no. Esta investigación continúa, para después desarrollar fármacos que modulen la actividad de la enzima.