Según las historias, la violencia en la ciudad de Cholula se prolongó unos cinco días, tras el ataque de los expedicionarios españoles y de los tlaxcaltecas a los nobles y cargadores en el palacio el día 18 de septiembre de 1519. En ese primer día, asaltaron y quemaron también el templo de Quetzalcóatl. Los siguientes días, las tropas tlaxcaltecas y españolas se dedicaron a saquear la ciudad, matando y violando a sus pobladores y tomando cientos de cautivos. El botín se repartió de la manera acostumbrada: oro y plata para los españoles, plumas y piedras preciosas para sus aliados nativos.
Todas las historias españolas insisten en que este ataque prolongado fue la respuesta a una conspiración de la gente de Cholula y de los mexicas para atacarlos. Según estas versiones, la ciudad entera estaba llena de trampas y de armas para aniquilar a los expedicionarios. Sin embargo, el ataque nunca sucedió. Además, en los días que duró la violencia, las supuestas trampas, armas y tropas que hubieran sido capaces de acabar con los expedicionarios no fueron usadas contra ellos, pues de haberlo hecho les hubieran provocado mayores bajas y hubieran impedido la masacre de la población civil. Esto permite dudar de la versión española. Además, la versión mexica recogida en el libro XII de la Historia General de las Cosas de la Nueva España unos años después, niega explícitamente que existiera esta conjura.
En todo caso, cuando terminó por fin la violencia, Hernán Cortés volvió a reunir a los gobernantes de Cholula que habían sobrevivido al ataque inicial y a muchos de los cuales había mantenido cautivos en su cuartel. En su conversación con ellos, traducida como siempre por Marina, el capitán español los culpó de la violencia, mencionando la imaginaria conjura, y los obligó a pedirle perdón por el ataque que él mismo había decretado en su contra.
Luego les ordenó que hicieran volver a Cholula a todos sus habitantes que habían huido de la violencia española. En sus Cartas de relación Hernán Cortés presume que tras unos días la ciudad estaba poblada y la gente vivía en ella como si nada hubiera pasado. Esto también se antoja dudoso, a unos días de la masacre de miles de sus vecinos, parientes y amigos.
Por otro lado, la noticia de esta atroz masacre corrió por toda Mesoamérica sembrando el miedo entre los habitantes de toda la tierra.